병협은 의약분업 시행 이후 병원급 이상 의료기관에 종사하는 전문의 및 치과이사 등의 이직률이 늘어나면서 일부 종합병원의 경우 필수진료과목의 전문의 마저 확보하지 못해 종합병원에서 병원으로 등급이 떨어지고, 일부 진료과의 진료가 중단되는 사태가 발생하고 있다며 지원이 절실하다는 입장을 밝혔다.
병협이 지난 2000년 7월부터 2001년 6월까지 병원급 이상 의료기관 104곳(종합전문요양기관 19, 종합병원 59, 병원 26)을 대상으로 이직 현황을 조사한 결과, 전문의 4,479명 중 998명(223%)이 퇴직한 것으로 나타났다.
이는 1999년 7월부터 2000년 6월까지 전문의 4,322명 중 874명(202%)이 퇴직한 것과 비교해 볼 때 21%포인트 늘어난 수치다. 요양기관 종별 이직률은 종합전문요양기관(대학병원) 195%, 종합병원 244%, 병원 340% 등으로 집계됐다.
병협은 정부가 추진 중인 개방형병원제도의 원활한 운영과 의료전달체계를 통한 의료균점을 이루기 위해서는 지나치게 엄격한 종합병원 필수진료과목을 일본처럼 내과, 일반외과, 산부인과만을 규정하고 그외의 6개 진료과목은 병원의 필요에 따라 자율적으로 선택·운영할 수 있도록 해야 한다는 입장이다.
이와 함게 공보의 및 전공의의 선발기준 완화 등을 통해 중소규모의 병원에도 이들을 파견할 수 있도록 정책적 지원이 필요하다고 덧붙였다. 의료전달체계와 관련해서는 병원급 이상 의료기관은 입원환자 중심으로, 의원급은 외래환자 중심으로 진료하는 선진화된 전달체계를 확립해야 한다고 주장했다.
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